社会文化研究系（※グローバルスタディーズ科目群）

共生の視点に立って、生命、精神、社会文化と、それらに関わる社会、制度、組織、相互行為、構造、機能などの多様性を理解し、世界を、「出来事の生成と消滅の反復」と「出来事の物質化（制度化）」が構成する動的平衡及び差異体系として捉えるなかで、摩擦や衝突を超えた新たな秩序や文化の形成を探究します。

言語研究系（※言語多様性科目群）

社会の現実と問題が、言語・コミュニケーションから構成されることに基づき、相互理解の原理的解決の可能性を求めて、言語の固有性を、記号内容（意味や意図）と記号形式（音や動作）の統語性や、言語表現の使用による意図の共有から探究する。また、言語の適応的機能に関する思考・生成文法や、コミュニケーションによる社会構築の可能性、コミュニケーションの情報・伝達・理解の選択を支える非言語コミュニケーション及び非記号的コミュニケーションについて探究します。

環海日本長崎学・アジア研究系（※環海日本長崎学・アジア研究科目群）

従来の日本研究の諸成果を、東アジア及び世界に位置付けなおし、ヒト、モノ、コトの流動のなかにある日本、その１つの拠点としての長崎という視点から、従来の文学部中心の日本研究とは異なる、トランス・ディシプリナリーな「環海日本長崎研究・アジア研究」を探究する。すなわち、オリエンタリズム的認識（自己に対して優越的な意味を付与するために、他者を一段劣った存在として、搾取や救済の対象に据えて構築すること、このような自己中心的な自己—他者認識が、「他者支配の言説」（ディスコース）に基づく近代学問のあり方に深く根差していること）を、理論・実証を通じて脱構築し、グローバリゼーションによる世界や学問の脱中心化と多中心化に注視しながら、21世紀の人文社会科学の前提となる、新たな自己—他者関係を探究します。

公共政策研究系（※政策科学科目群）

国際公共政策の課題設定と設計、政策形成と決定、政策実施と管理、政策評価を行うために、政策過程の各段階でそれぞれのアクターが演じる役割や限界を理解するとともに、現在の国際関係を批判的に検討し、グローバルな公共的価値の形成と実現を探究します。